Nunca he entendido porqué  en Ubuntu nunca funciona la configuración del reloj en su formato de 12 horas. Afortunamente siempre hay solución y consiste en abrir un terminal y ejecutar:

  sudo gedit /usr/share/i18n/locales/es_XX

Donde XX son las iniciales del país donde estamos, por ejemplo Colombia quedaría ../es_CO

En el archivo que se nos abre ubicaremos las siguientes lineas:

am_pm “”;”"

t_fmt_ampm “”

Y las reemplazaremos así: La primera am_pm “”;”" por esto: am_pm “”;”"

Y la segunda t_fmt_ampm “” por esto: t_fmt_ampm “/”

Guardamos y volvemos a la Terminal y digitamos lo siguiente para que se guarden los cambios que hicimos:

 sudo locale-gen

Reiniciamos el entorno gráfico con alt+ctrl+backspace y guala, ya podremos seleccionar el formato 12 horas en las preferencias de nuestro reloj.